پاسخ : مشکل در نصب نرم افزار

به‌خاطر اینکه این نرم‌افزارها در مخازن رسمی وجود ندارن!
برای modeller یه جایگزین هست، Avogadro برای chimera هم احتمالا بستهٔ microbiomeutil (من تنها بر مبنای سرچی که برای شما انجام دادم اینا رو گفتم خودم هیچ تجربه‌ای در این زمینه ندارم!!).
در ضمن شما چه فایلی رو دانلود کردی؟

پرسشت کاستی‌های زیادی داره، قشنگ توضیح بده که چه کارهایی انجام دادی...